Nella seconda metà del XIII secolo, Pietro del Morrone rilevò il complesso monastico precedente e dopo radicali restauri e adattamenti vi insediò una delle primissime comunità dei "Fratelli dello Spirito Santo", la Congregazione religiosa da lui fondata, costituendone un centro di irradiazione in Italia e in Europa.
Il documento più antico attestante l'esistenza del cenobio celestiniano di S. Antonio Abate è una pergamena inedita del fondo Celestini dell’Archivio Vaticano, contenente un atto di donazione del 14 aprile 1267.
Dopo un lunghissimo conclave il 25 luglio 1294, Pietro del Morrone venne eletto papa con il nome di Celestino V.

Con la sua incoronazione papale, il 29 agosto 1294, Celestino V concesse alla Basilica di Collemaggio, nella città de L'Aquila, il singolarissimo privilegio della "Perdonanza", una sorta di Giubileo ante litteram che in seguito venne esteso ad alcune delle Chiese più importanti della Congregazione Celestiniana.

Al centro di un conflitto tra il re di Napoli, Carlo II d’Angiò, e la Curia cardinalizia, dopo pochi mesi, il 13 dicembre 1294, Celestino V abdicò al pontificato. A succedergli, di lì a poco, il cardinale anagnino Benedetto Caetani, divenuto papa Bonifacio VIII che, per evitare uno scisma – i Francesi avrebbero potuto disconoscere la scelta di Celestino V, riabilitandolo come papa – fece ricercare e arrestare il suo predecessore, rinchiudendolo nella rocca di Fumone (estate 1295), dove Pietro Angelerio si spense il 19 maggio 1296.

Papa Bonifacio VIII dispose che il corpo fosse traslato solennemente nel monastero di S. Antonio Abate a Ferentino. Terminato il rito funebre, celebrato dal Cardinale Celestiniano Tommaso d'Ocre, alla presenza di tutti i Vescovi e superiori delle famiglie religiose della provincia di Campagna, il corpo di Celestino V venne deposto nel sepolcro scavato nell'arenaria "iuxta maius altare".
Il monastero di S. Antonio Abate divenne meta di frequenti e devoti pellegrinaggi, soprattutto dopo il 5 maggio 1313, quando papa Clemente V sancì ufficialmente, in Avignone, la santità di Pietro Celestino. Le cronache più antiche riportano la notizia di numerosi miracoli avvenuti a Ferentino presso la tomba del Santo Pontefice. La città inoltre, secondo quanto attestato dagli antichissimi statuti comunali risalenti al XIV secolo, venerò da subito S. Pietro Celestino come suo Secondo Patrono accanto a S. Ambrogio martire.

L'afflusso di pellegrini e le numerose donazioni testamentarie favorirono un incremento considerevole del patrimonio dei monastero. Si ha ragione di credere che le cospicue entrate vennero utilizzate anche per decorare artisticamente la chiesa: di questa decorazione, certamente opera di valentissimi artisti (qualche esperto vi rileva la mano di Pietro Cavallini e della sua scuola), restano poche tracce nelle pareti della chiesa, come il preziosissimo affresco raffigurante San Pietro Celestino.

Le notevoli difficoltà incontrate dai pellegrini per raggiungere Ferentino, la ristrettezza dei luoghi, ma ancor più il desiderio di assicurarsi le ricche offerte, suggerirono ai monaci di trasferire solennemente il corpo del Santo pontefice nella Basilica di Collemaggio a L’Aquila. Questo avvenne il 15 febbraio 1327.

Come segno tangibile dell'affetto che Pietro Celestino aveva dimostrato per Ferentino, in città venne lasciata la reliquia del cuore che, ancora incorrotto, è custodito attualmente dalle monache Clarisse. Una tardiva tradizione, codificata anche da storici del XVI secolo ed entrata nella letteratura, sostiene che il vescovo di Ferentino, con un atto di forza, aveva fatto traslare le ossa di S. Pietro Celestino nella chiesa extraurbana di S. Agata onde assicurarsene il possesso.
Da qui esse sarebbero state trafugate rocambolescamente a L’Aquila dai monaci Celestiniani. Alla luce dei documenti più antichi e di una corretta analisi storica degli avvenimenti, questa tesi appare priva di ogni fondamento.

La chiesa ospita le spoglie di Martino Filetico, insigne umanista del XV secolo, mecenate e fondatore della prima scuola pubblica ferentinate, precettore alla corte di Federico da Montefeltro.
La crisi vocazionale che interessò gli ordini contemplativi durante la Controriforma ridimensionò fortemente l'abbazia ferentinate, dapprima ridotta a priorato dipendente dal monastero romano di S. Eusebio, poi addirittura in grangia.
Alla fine del `700 la chiesa del monastero venne comunque adattata al gusto del tempo: il tetto a capriate venne coperto da una volta a botte (che rovinò inesorabilmente i preziosissimi affreschi), venne eretta l'ancona barocca dell'altare maggiore e le due navatelle laterali vennero ridotte a cappelle.

Una volta soppresso l'Ordine celestiniano, a causa degli editti napoleonici del 1807, il monastero venne incorporato nella mensa vescovile di Ferentino e i suoi beni (ancora assai cospicui) assegnati prima alle Monache benedettine di Subiaco, e in seguito al Collegio Irlandese di Roma.
Nel 1829, il cardinale Pietro Vidoni (1759-1830), che aveva fatto adattare l'edificio occidentale dei monastero a sua residenza estiva, fece collocare sull'altare maggiore l'attuale pala, opera egregia del pittore Andrea Giorgini.
Per alcuni anni, a partire dal 1855, i locali dell'abbazia ospitarono un orfanotrofio maschile affidato ai religiosi Salvatoristi di S. Brigida. Nel 1869, una fiorente comunità di padri Passionisti, espulsi dal regno di Napoli, si insediò nel monastero e vi dimorò per 24 anni, fino al 1893.

Ai Passionisti si avvicendarono, per breve tempo, i Padri Cappuccini.
Nel 1926 la Chiesa e il complesso monastico divennero sede di una poverissima "parrocchia rurale". Lo scorrere del tempo, la mancanza di mezzi economici e la negligenza degli uomini, avevano cooperato gradualmente a ridurre lo storico complesso abbaziale alla stregua di un rudere, al punto tale che le competenti autorità si videro costrette a dichiararne l'inagibilità.
Grazie all'impegno di alcuni, in particolare della Associazione culturale "gli Argonauti", negli anni Novanta del Novecento si operò una riscoperta del monumento e si promosse un’ampia campagna culturale di sensibilizzazione tesa a provocare interventi di salvaguardia da parte dei competenti organismi statali.
Dopo una parziale ma solerte opera di restauro, conclusasi nel giugno del 2000, il complesso monastico di S. Antonio Abate, sede della più grande parrocchia della città di Ferentino, è stato restituito al mondo della cultura e dell'arte.

Con decreto della Penítenzieria Apostolica del 12 ottobre 2001, è stato concesso a tutti i pellegrini che visiteranno la chiesa nei giorni compresi tra il 18 e il 21 maggio, nonché in altre particolari situazioni, di poter lucrare l'Indulgenza plenaria della Perdonanza, alle consuete condizioni sacramentali dettate dalla Chiesa.
Il monastero di S. Antonio Abate, per volontà pastorale del vescovo diocesano Mons. Salvatore Boccaccio, dal novembre 2004 è sede dell’Eremo S. Pietro Celestino, una  “casa di spiritualità”, ma anche centro culturale e di interesse turistico.

Spiritualità, cultura e turismo al servizio del rilancio dell’esperienza celestiniana; luogo adibito e offerto a pellegrini, studiosi, donne e uomini alla ricerca della “pace del cuore”, credenti o non credenti. In questa prospettiva è la ripresa di una nuova fase di restauri, in particolare riguardanti il lato occidentale dell’edificio, l’ala Vidoni, per ospitare stanze per l’accoglienza, biblioteca e museo celestiniano.

  Un progetto che ha bisogno anche del tuo aiuto!..